Η ΕΕΕ, εκπροσωπώντας τα συμφέροντα της ελληνόκτητης ναυτιλίας, παρακολουθεί στενά τις εξελίξεις στον τομέα της ναυτιλιακής πολιτικής, συμμετέχοντας εποικοδομητικά στη διαμόρφωση των συλλογικών θέσεων και των προτάσεων της ναυτιλίας μέσω της ενεργούς συμμετοχής της στους διεθνείς ναυτιλιακούς οργανισμούς. Ειδικότερα, η ναυτιλιακή πολιτική αναφέρεται σε σειρά θεμάτων, όπως η ελεύθερη πρόσβαση στις αγορές και στο εμπόριο, η θαλάσσια πειρατεία, η ναυτική ασφάλεια στο διαδίκτυο, καθώς και σε προτάσεις και κανονιστικές πρωτοβουλίες με αντίκτυπο στην ανταγωνιστικότητα και τη βιωσιμότητα του ναυτιλιακού τομέα.