Η ένταξη της ναυτιλίας στο EU ETS θα οδηγήσει σε δυσανάλογη, τόσο διοικητική όσο και κυρίως οικονομική, επιβάρυνση των ναυτιλιακών επιχειρήσεων που προσεγγίζουν συχνά λιμάνια στην ΕΕ, αυξάνοντας τελικά το κόστος για τους καταναλωτές. Η επιβάρυνση αυτή είναι ιδιαίτερα υψηλή για τις Μικρομεσαίες Επιχειρήσεις που αποτελούν την ραχοκοκαλιά της ευρωπαϊκής και διεθνούς ναυτιλίας. Επιπλέον, η επέκταση του EU ETS στη ναυτιλία μπορεί να δημιουργήσει εμπορικό πλεονέκτημα για ναυτιλιακές εταιρείες εκτός ΕΕ, προκαλώντας έτσι στρέβλωση του ανταγωνισμού. Σημαντική θα είναι και η επίπτωσή της στην ανταγωνιστικότητα των λιμανιών της ΕΕ, καθώς μπορεί να οδηγήσει σε απομάκρυνση της παγκόσμιας ναυτιλίας από αυτά. Η δημιουργία πολλών αντίστοιχων με το EU ETS περιφερειακών ή εθνικών συστημάτων ανά τον κόσμο, λόγω του προηγούμενου που έχει δημιουργήσει η ΕΕ, αποτελεί βασικό λόγο ανησυχίας για τον κλάδο.